Die verschiedenen Themen werden in spezifischen Arbeitsgruppen bearbeitet:
Biodiversität: Forum Biodiversität Schweiz
Forschungspartnerschaft Nord-Süd: Kommission für Forschungspartnerschaft mit Entwicklungsländern (KFPE)
Genforschung: Forum Genforschung
Klima und globaler Wandel: Forum for Climate and Global Change (ProClim)
Landschaft, Alpen, Pärke: Forum Landschaft, Alpen, Pärke (FoLAP)
Transdisziplinarität: Network for Transdisciplinary Research (td-net)
Polarforschung: Swiss Committee on Polar and High Altitude Research
Nachhaltigkeitsforschung: Initiative für Nachhaltigkeitsforschung